Organização
Segundo o artigo 5º do Decreto-Regulamentar nº 3/2009 de 12 de Janeiro, o Comando da Segunda Região Militar compreende:
Atribuições do Comandante
De acordo com o artigo 6º do Decreto-Regulamentar nº 3/2009 de 12 de Janeiro, o Comandante superintende na organização, administração, disciplina, eficiência e emprego das unidades atribuídas
Atribuições dos órgãos de operações
O artigo 7º do Decreto-Regulamentar nº 3/2009 de 12 de Janeiro, estabelece que aos órgãos de operações compete, em especial:
Elaborar, propor, assegurar, programar e coordenar o planeamento operacional do comando territorial.
Atribuições dos órgãos de logística e apoio de serviços
Conforme o artigo 8º do Decreto-Regulamentar nº 3/2009 de 12 de Janeiro, aos órgãos de operações compete, em especial:
Planificar, assegurar e coordenar as atividades relativas à logística do comando territorial, nos domínios dos recursos humanos e das atividades relativas à administração financeira.
Atribuições da Secretaria
O artigo 9º do Decreto-Regulamentar nº 3/2009 de 12 de Janeiro, dispõe que a Secretaria assegura o apoio administrativo ao comando territorial, competindo-lhe, em especial:
A receção, registo, expedição e processamento de correspondência e a publicação da Ordem de Serviço.