O EMFA é dirigido pelo Vice-Chefe do Estado-Maior das Forças Armadas e compreende:
a) O Comando Operacional das Forças Armadas;
b) O Centro de Planeamento Estratégico-Militar;
c) A Direcção de Informações Militares;
d) A Inspecção das Forças Armadas; e
e) Os Serviços de Apoio Geral.
Quando não exista Vice-Chefe do Estado-Maior das Forças Armadas, o EMFA é coordenado pelo Comandante Operacional das Forças Armadas.