O EMFA é dirigido pelo Vice-Chefe do Estado-Maior das Forças Armadas e compreende:

a)    O Comando Operacional das Forças Armadas;

b)    O Centro de Planeamento Estratégico-Militar;

c)    A Direcção de Informações Militares;

d)    A Inspecção das Forças Armadas; e

e)    Os Serviços de Apoio Geral.

Quando não exista Vice-Chefe do Estado-Maior das Forças Armadas, o EMFA é coordenado pelo Comandante Operacional das Forças Armadas.